KLMED 8006: Anvendt medisinsk statistikk - Vår 2009

Målet med denne seminarserien er å belyse relevante statistiske metoder og bruk av programvare utover det som dekkes av grunnkursene i medisinsk statistikk. Serien inngår også som en integrert del av emnet Medisinsk statistikk (ST2303) ved Institutt for matematiske fag, NTNU.

Kursleder:         Førsteamanuensis Eirik Skogvoll, Enhet for anvendt klinisk forskning (AKF), tlf. 72 57 45 49, e-post: eirik.skogvoll@ntnu.no

Kurssekretær:   Inger Ådnøy Ellingsen inger.ellingsen@ntnu.no tlf. 72573070.

Påmelding

Påmelding via StudentWeb. Gjør dette i GOD tid før kursstart. Hvis du ikke kan melde deg på via studweb før kursstart, meld fra til kurssekretær.

Seminarserien med fagkode KLMED 8006 er godkjent som PhD-kurs og gir 5 studiepoeng ved bestått eksamen. Selvvalgt, individuell oppgave (gjerne basert på egen forskning og datamateriale) kan telle ca 50 % ved vurderingen. Oppgaven må være innlevert senest onsdag 13. mai 2009.

Det er imidlertid både mulig og ønskelig å delta på enkeltseminarer uten påmelding!

Tid: Onsdag kl. 1230 - 1515   Sted: se planen nedenfor

Plan pr. 21.04.2009   NB!  En ekstra samling i uke 19

Uke nr.

Seminar nr:

Emne

Dato og sted

Innledere

Litteratur*

3

1

Generell lineær modell (GLM)
Definisjon, formulering, parameterisering. Sammenheng mellom t-test, ANOVA, LR og MLR.  Estimering (LS, ML), uavhengighet, korrelerte observasjoner. Modellvalg. Sjekk av forutsetninger, transformasjoner, residualplott, outliers.

14.01.09
NA

Harald Johnsen

Rosner 12.6
Notat1
Notat2
Notat3



6
2

Repeterte målinger (I)
Problemer og fordeler med avhengighet mellom observasjoner. Summasjonsmål. Kovariansanalyse. Randomized block ANOVA. Friedman's test. ANOVA for repeterte målinger.

04.02.09
MTA
Eirik Skogvoll, Arnt Erik Tjønna
Notat.AET
Notat.ES
Kinnear & Gray 9
Rosner 12.6
Bland & Altman
Vickers & Altman
7

3

 

Repeterte målinger (II)
Varianskomponenter. Lineære, sammensatte modeller med faste og tilfeldige effekter ("linear mixed effect models").
Kort om faktoriell design, interaksjon.

11.02.09 NSU2

Eirik Skogvoll
Laila Kristoffersen

Notat.ES

Gueorguieva & Krystal
Kinnear & Gray 9, 10
Rosner 12.8, 12.9

9

4

 

Diagnostiske tester
Problemstilling, definisjoner, sensitivitet og spesifisitet. Konfidensintervall, sammenlikning av metoder. Utvalgsstørrelse. Bayes teorem, PPV, NPV, anvendelse i populasjoner med høy og lav prevalens. ROC.

25.02.09
NSU2

Malin Dögl
Eirik Skogvoll

Notat.MD
Notat.ES
Rosner 3.6- 3.10, 4.8, 4.9, 10.4
Zhou et al. Armitage 19.9
Gluud & Gluud Goodacre

11

 

5

 

Analyse når noen observasjoner mangler ("missing data")
Problemstilling, mulige løsninger.

11.03.09
NSU2


Stian Lydersen

Notat.SL
Rosner 13.13


 

17

 

6

Metanalyse

22.04.09
02S21


Stian Lydersen
Pål Romundstad

Notat.SL
Notat.PR
19
7
Sekvensiell design og interimanalyse i kliniske studier
Kan, skal eller bør man "titte i kortene" underveis i en klinisk studie? Statistiske og kliniske problemstilinger, konsekvenser av interimanalyser, mulige løsninger
06.05.09
MTS3
Asbjørn Støylen
Stian Lydersen
Notat.SL


Auditorier:
MTA -   Auditoriet, Medisinsk Teknisk Senter (MTFS)
NA -     Auditoriet, underetasje, Nevro øst

NSU2 - Seminarrom, underetasje, Nevro øst
02S21 - Seminarrom (auditoriet) 2.etg, 1902-bygget

MTS3 - Seminarrom 3, Medisinsk Teknisk Senter (MTFS)


* Litteratur for spesielt interesserte, noen bøker er tyngre enn andre. Noen forelesningsnotater blir lagt ut etterhvert.

Armitage P, Berry G, Matthews JNS. Ch 19.9: Diagnostic tests. In Statistical Methods in Medical Research 4.ed (2002), Blackwell Science.
Bland JM, Altman DG. Calculating correlation coefficients with repeated observations: Part 1- correlation within subjects. BMJ 1995;310:446
Gluud & Gluud: Evidence based diagnostics. BMJ 2005;330;724-726

Goodacre, S. (2009). Critical appraisal for emergency medicine: 5 Evaluation of a diagnostic test. Emerg Med J 26(1): 53-56.

Gueorguieva, R. and J. H. Krystal (2004). Move over ANOVA: progress in analyzing repeated-measures data and its reflection in papers published in the Archives of General Psychiatry. Arch Gen Psychiatry 61(3): 310-7
Kinnear P, Gray C: SPSS 14 Made Simple (2006) Psychology Press
Kleinbaum DG, Kupper LL, Muller KE, Nizam A. Applied Regression Analysis and Other Multivariable Methods. 3rd ed. (1998) Duxbury

Normand, Sharon-Lise T: Tutorial in Biostatistics. Meta-Analysis: Formulating, Evaluating, Combining, and Reporting. Statistics in Medicine 1999;18: 321-359
Rosner B:  Fundamentals of Biostatistics 6.th ed (2005) Duxbury
Schafer & Graham: Missing data: Our view of the state of the art. Psychological Methods. 2002 Jun Vol 7(2) 147-177 (http://content.apa.org/journals/met/7/2/147)

Vickers, A. J. and D. G. Altman (2001). "Statistics notes: Analysing controlled trials with baseline and follow up measurements." Bmj 323(7321): 1123-4.
Zhou Xiao-Hua, et al.
Statistical Methods in Diagnostic Medicine (2002). Wiley

Eksamen og vurdering

Muntlig eksamen 25. mai 2009, varighet ca 30 min. Vurdering: bestått/ ikke bestått. På PhD nivå krever dette karakter B eller bedre. Innlevert oppgave vil telle ca 50 % ved karaktersettingen. Evt. oppgave må være innlevert skriftlig til instituttkontoret senest onsdag 13. mai 2009.

Oppgave

Hensikten med (frivillig) oppgave er å stimulere til kreativ, kritisk og tankefull bruk av statistisk metode i medisinsk forskning. Oppgaven må være tematisk relevant ift. seminarene, og vil telle ca. 50 % ved karaktersettingen. Datamaterialet bør helst være basert på egen forskning, men kan etter avtale også tildeles av kursleder i siste halvdel av kurset. Resultatene kan gjerne være publisert tidligere, idet hensikten er å redegjøre for analysen og ikke resultatene i seg selv. Oppgavens problemstilling bør diskuteres med kursleder på forhånd. De som ønsker oppgave tildelt kan selv velge problemstilling blant de tema som tas opp i seminarene.

 


Veiledende retningslinjer for oppgavens form og innhold

  1. Faglig problemstilling.
  2. Statistisk problemformulering.
  3. Datamateriale.
  4. Deskriptiv dataanalyse.
  5. Statistisk analyse/ modellbetraktning.
  6. Konklusjon.
  7. Diskusjon av forutsetningene for analysen (faglig/statistisk).
  8. Omfang er ca. 10 A4 sider, inkl. (redigert) utskrift fra statistikkprogram.


NB! Vår erfaring er at noen kandidater utelukkende fokuserer på det medisinsk faglige, og ”glemmer” at oppgaven primært dreier seg om statistikk og forskningsmetode. Vær derfor spesielt nøye med punktene 2,5 og 7.