KLMED 8006: Anvendt medisinsk statistikk - Vår 2010

Målet med denne seminarserien er å belyse relevante statistiske metoder og bruk av programvare utover det som dekkes av grunnkursene i medisinsk statistikk. Serien inngår også som en integrert del av emnet Medisinsk statistikk (ST2303) ved Institutt for matematiske fag, NTNU.

Fra og med våren 2011 blir KLMED8006 erstattet av et nytt kurs ("emne") som i hovedsak tar for seg repeterte målinger.

Kursleder:         Førsteamanuensis Eirik Skogvoll, Enhet for anvendt klinisk forskning (AKF), tlf. 72 57 45 49, e-post: eirik.skogvoll@ntnu.no
Kurssekretær:   Mariann Hansen (mariann.hansen@ntnu.no) tlf. 735 98660.

Påmelding

Påmelding via StudentWeb. Gjør dette i GOD tid før kursstart. Hvis du ikke kan melde deg på via studweb før kursstart, meld fra til kurssekretær.

Seminarserien med fagkode KLMED 8006 er godkjent som PhD-kurs og gir 5 studiepoeng ved bestått eksamen. Selvvalgt, individuell oppgave (gjerne basert på egen forskning og datamateriale) kan telle ca 50 % ved vurderingen. Oppgaven må være innlevert (dato kommer senere).

Det er imidlertid både mulig og ønskelig å delta på enkeltseminarer uten påmelding!

Tid: Onsdager kl. 1215 - 1500   Sted: se planen nedenfor.

Plan pr. 29.04.2010  NB! Forelesning om "missing data" blir 12. mai.

Uke nr.

Emne

Dato og sted

Innledere

Litteratur*

2

(Generell) lineær modell (GLM)
Definisjon, formulering, parameterisering. Sammenheng mellom t-test, ANOVA, LR og MLR.  Estimering (LS, ML), uavhengighet, korrelerte observasjoner. Modellvalg. Sjekk av forutsetninger, transformasjoner, residualplott, outliers.

13.01.10
NA

Harald Johnsen

Rosner 12.6
Notat1

Notat2
4

Repeterte målinger (I)
Problemer og fordeler med avhengighet mellom observasjoner. Summasjonsmål. Kovariansanalyse. Randomized block ANOVA. Friedman's test. ANOVA for repeterte målinger.

 27.01.10
GS21
 Eirik Skogvoll
Eivind Brønstad
 NotatES
ES.English
Kinnear & Gray 9
Rosner 12.6 Bland & Altman
Vickers & Altman
5

Repeterte målinger (II)
Varianskomponenter. Lineære, sammensatte modeller med faste og tilfeldige effekter ("linear mixed effect models").
Kort om faktoriell design og interaksjon.

 03.02.10
MTA
 Eirik Skogvoll
Laila Kristoffersen

 NotatES
NotatLK
Gueorguieva & Krystal
Kinnear & Gray 9, 10
Rosner 12.8, 12.9
7
 Sekvensiell design og interimanalyse i kliniske studier
Kan, skal eller bør man "titte i kortene" underveis i en klinisk studie? Statistiske og kliniske problemstilinger, konsekvenser av interimanalyser, mulige løsninger.		 17.02.10
NSU1
 Stian Lydersen
 InfoSL
10
 Utgår pga. sykdom 10.03.10

11

Diagnostiske tester
Problemstilling, definisjoner, sensitivitet og spesifisitet. Konfidensintervall, sammenlikning av metoder. Utvalgsstørrelse. Bayes teorem, PPV, NPV, anvendelse i populasjoner med høy og lav prevalens. ROC.

 17.03.10
NSU1
 Malin Dögl
Eirik Skogvoll
 NotatMD
NotatES
Rosner 3.6- 3.10, 4.8, 4.9, 10.4
Zhou et al. Armitage 19.9
Gluud & Gluud Goodacre

17

 

Metanalyse
Gjennomgang og sammenfatning av relaterte, uavhengige studier.
 28.04.10
NA

Stian Lydersen
Pål Romundstad

 NotatSL
NotatPR
19
 Analyse når noen observasjoner mangler ("missing data")
Problemstilling, mulige løsninger.		 12.05.10
MTG1
 Pål Romundstad NotatPR


Auditorier vi kan komme til å bruke:

AHM31 - Akutten-Hjerte-lungesenteret, 3 etg.

GS21     - Seminarrom, Gastrosenteret, 2 etg. (rett over hovedinngangen)
MTA     - Auditoriet, Medisinsk Teknisk Senter (MTFS)

MTG1  -  Grupperom 1, Medisinsk Teknisk Senter 2. etg.
NA        - Auditoriet, underetasje, Nevro øst

NSU1/2 - Seminarrom, underetasje, Nevro øst
02S21    - Seminarrom (auditoriet) 2.etg, 1902-bygget

MTS3    - Seminarrom 3, Medisinsk Teknisk Senter (MTFS)


* Litteratur for spesielt interesserte, noen bøker er tyngre enn andre. Noen forelesningsnotater blir lagt ut etterhvert.

Armitage P, Berry G, Matthews JNS. Ch 19.9: Diagnostic tests. In Statistical Methods in Medical Research 4.ed (2002), Blackwell Science.
Bland JM, Altman DG. Calculating correlation coefficients with repeated observations: Part 1- correlation within subjects. BMJ 1995;310:446
 Gluud & Gluud: Evidence based diagnostics. BMJ 2005;330;724-726

Goodacre, S. (2009). Critical appraisal for emergency medicine: 5 Evaluation of a diagnostic test. Emerg Med J 26(1): 53-56.

Gueorguieva, R. and J. H. Krystal (2004). Move over ANOVA: progress in analyzing repeated-measures data and its reflection in papers published in the Archives of General Psychiatry. Arch Gen Psychiatry 61(3): 310-7
Kinnear P, Gray C: SPSS 14 Made Simple (2006) Psychology Press
Kleinbaum DG, Kupper LL, Muller KE, Nizam A. Applied Regression Analysis and Other Multivariable Methods. 3rd ed. (1998) Duxbury

Normand, Sharon-Lise T: Tutorial in Biostatistics. Meta-Analysis: Formulating, Evaluating, Combining, and Reporting. Statistics in Medicine 1999;18: 321-359
Rosner B:  Fundamentals of Biostatistics 6.th ed (2005) Duxbury
Schafer & Graham: Missing data: Our view of the state of the art. Psychological Methods. 2002 Jun Vol 7(2) 147-177 (http://content.apa.org/journals/met/7/2/147)

Vickers, A. J. and D. G. Altman (2001). "Statistics notes: Analysing controlled trials with baseline and follow up measurements." Bmj 323(7321): 1123-4.
Zhou Xiao-Hua, et al. Statistical Methods in Diagnostic Medicine (2002). Wiley

Eksamen og vurdering

Muntlig eksamen ultimo mai 2010, varighet ca 30 min. Vurdering: bestått/ ikke bestått. På PhD nivå krever dette karakter B eller bedre. Innlevert oppgave vil telle ca 50 % ved karaktersettingen. Evt. oppgave må være innlevert skriftlig til instituttkontoret innen 21. mai 2010.

Oppgave

Hensikten med (frivillig) oppgave er å stimulere til kreativ, kritisk og tankefull bruk av statistisk metode i medisinsk forskning. Oppgaven må være tematisk relevant ift. seminarene, og vil telle ca. 50 % ved karaktersettingen. Datamaterialet bør helst være basert på egen forskning, men kan etter avtale også tildeles av kursleder i siste halvdel av kurset. Resultatene kan gjerne være publisert tidligere, idet hensikten er å redegjøre for analysen og ikke resultatene i seg selv. Oppgavens problemstilling bør diskuteres med kursleder på forhånd. De som ønsker oppgave tildelt kan selv velge problemstilling blant de tema som tas opp i seminarene.

 


Veiledende retningslinjer for oppgavens form og innhold

  1. Faglig problemstilling.
  2. Statistisk problemformulering.
  3. Datamateriale.
  4. Deskriptiv dataanalyse.
  5. Statistisk analyse/ modellbetraktning.
  6. Konklusjon.
  7. Diskusjon av forutsetningene for analysen (faglig/statistisk).
  8. Omfang er ca. 10 A4 sider, inkl. (redigert) utskrift fra statistikkprogram.


NB! Vår erfaring er at noen kandidater utelukkende fokuserer på det medisinsk faglige, og ”glemmer” at oppgaven primært dreier seg om statistikk og forskningsmetode. Vær derfor spesielt nøye med punktene 2,5 og 7.